三阴交穴临床多以妇科病为用，有妇科病“第一穴”之称，所有有关经带胎产，及子宫精室各症，如月经不调、崩漏、带下、子宫脱垂、经闭、难产、产后血晕、恶露不尽、不孕、更年期、遗精、阳痿、不育、阴茎痛、疝气、小便不利、遗尿等男女生殖及泌尿系统各症。

常灸三阴交能调整内分泌，推迟绝经的时间，改善面部气色，有美容、延缓衰老的作用，也是治疗皮肤病的有效穴位，如湿疹、荨麻疹、神经性皮炎等。