鸡内金主要可用于饮食积滞、小儿疳积、遗精、遗尿、砂石淋证、胆石症等病症的治疗。

饮食积滞，小儿疳积：本品消食化积作用强，并能健运脾胃，可用于多种食积证。治食积不化引起反胃吐食，病情较轻者，单味研末服；食积较重者，常配伍山楂、麦芽等。治小儿脾虚疳积，常配伍白术、茯苓等。

遗精、遗尿：本品可固精缩尿止遗，用于遗精，单用鸡内金炒焦研末，遵医嘱温酒送服。用于遗尿，常配伍菟丝子、桑螺蛸等。

砂石淋证，胆石症：本品入膀胱经，有化坚消石之功，治砂石淋证或胆石症，常配伍金钱草、虎杖等。